1札幌 2函館 到左下碼頭找村民打聽五衛門。 經札幌外圍往東北走，到網走。
3網走・酒店 找酒店老闆打聽五衛門，接下尋找金之琥的要求。 往東南到蕗下之人村。
4蕗下之人村 進入民房與長老交談，讓東南洞窟的克羅貝茲離開通道。 離村後往東南走，進入東南洞窟。
5東南洞窟 由地下一層走到地下三層，開啟最深處的寶箱獲得奶油飴。 離開洞窟後前往擺渡口。
6擺渡口 將奶油飴交給擺渡老人。 通過擺渡口，進入薩摩伊克爾洞窟。
7薩摩伊克爾洞窟 深入地下二層，開寶箱取得金之琥。 經擺渡口南側出口離開，再回網走的酒店。
8網走・酒店（返回） 9函館（返回） 持假通行証與關口守衛對話，通過關卡。 到碼頭乘船，抵達弘前。
10弘前 從城鎮右上方的秘密通道離開。 出鎮後往南，到妖魔之村。
11妖魔之村 進北方民房找四界王。 接到村口通知後，返回村口與闇鬼交戰，再回四界王住處。 玉裳同行，前往毒森林。
12毒森林 進入森林後往深處走，追上玉裳。 擊敗闇鬼。 回妖魔之村，找四界王確認所需藥材。
13白青蛙洞穴 14妖魔之村（返回） 15關所 與守關士兵交談，完成玉裳通關的操作。 通過關所後向南，到仙台。
16仙台 離城向南，到水戶關所。
17水戶關所 走入關所觸發事件，通過南方出口。 五衛門離隊。 前往水戶城。
18水戶城 走近城內左上方的倒地老人，觸發事件。 完成牢房事件，轉往江戶城牢房。
19江戶城牢房 與伊豆野神交談，交付密書並接受請託。 從牢房地下通道離開。
20江戶地下通道 由牢房側依序穿過通道前段、後段，從江戶側出口離開。
21江戶・源內住處 到中間街區左下方的源內住處敲門。 轉往西側街區的五番樓。
22江戶・五番樓 與掌櫃、不知火時交談。 留宿，翌日出門。
23江戶・城門 前往東側街區北方的城門。 完成魔人弁慶戰鬥。 回五番樓，與源內交談。 源內加入。
24海龍丸洞窟 由一層深入四層，到最深處尋找海龍丸。 登船，與源內交談並出航。
25難波 向北走，到神戶關所。
26難波東南洞窟（選走） 此處是取寶支路，主線可略過。 一、二層有回復道具、能力道具與裝備；寶箱位置可開啟地圖查看。
27神戶關所 找守關士兵。 備妥 3,500 金，依序支付 1,000、500、2,000 金的通行費。 通過關所，進入神戶。
28神戶・ToTo的工具屋 向店主詢問線圈，完成店內事件。 到神戶中央廣場找美玲。
29神戶・中央廣場 接受美玲的比試並獲勝，取得線圈。 美玲加入。 前往六角山。
30六角山 31神戶・宗源住處（選走） 隨美玲拜訪宗源，源內會離隊修船。 離城往西北，到大山。
32大山 入山時完成與巫女國碰面的事件，即可返回出雲找國；山頂鳥巢可取得朱雀之羽根。 出山後往西，到出雲。
33出雲 到城內左上方找巫女國。 隨國開啟出雲大社入口。
34出雲大社 穿過大社並進入地下室；事件結束返回出雲時，取得古老的金屬板。 回海龍丸，找源內。
35海龍丸（返回） 帶古老的金屬板給源內，完成對話後出航。 船靠岸後，進入長崎。
36長崎 離城往東南，到阿蘇山山洞。
37阿蘇山山洞 由一層深入四層。 擊敗半人魚後調查礦石，獲得火石並帶回長崎。
38長崎（返回） 回城先遇見重傷的健太，再進教會與四郎會合，到城內北側找小林桄榔。 四郎加入。 擊敗半藏後，走到倒地居民旁完成事件。 離城，走向通往土佐的山洞。
39通往土佐的山洞 進入阿蘇山山洞東側的通道。 遇到弁慶改，完成戰鬥後撤退；此戰不必獲勝。 穿過山洞，到東方島上的土佐。
40土佐 離村往西北，進入山洞。
41土佐西北山洞 由一層進入二層支路，開啟寶箱獲得克來茵之壼。 回長崎教會。
42長崎・教會（返回） 進教會，完成與海瑞會合的事件。 海瑞加入，四郎留在教會。 回海龍丸找源內。
43海龍丸（再次返回） 海瑞加入後回船找源內。 乘船到弘前。
44弘前（返回） 從南方出口離城，往西南到日光。
45日光 向南到越後之村。
46越後之村 進北方民房與古老交談，才能回妖魔之村請四界王解封村雨。 經越後山洞、弘前的右上通道，返回妖魔之村。
47越後山洞 A/B/C 48越後山洞 D（選走） 49妖魔之村（再次返回） 50日光・東州宮 51大雪山小屋 與源內會合後，乘船到蝦夷的小屋。 出屋往東南，到大雪山洞窟。
52大雪山洞窟 53櫻島小屋 離開小屋往北，進入櫻島洞窟。
54櫻島洞窟 55江戶・五番樓（返回） 56龍之祠 走近祭壇前，先從源內取得通信機，再放上三件龍寶。 先對付助手壹號、助手貳號，再對付正宗與空海。 完成後續轉場，抵達龍之國。
57龍之國・中立區域 離開醒來的石屋，走到北方石屋門口，觸發龍人的事件。 進北方石屋救出半藏，100 金由半藏支付。 與半藏會合。
58天之城・宮殿 從中立區域北方入口進天之城，繞到北方宮殿。 找迪亞曼多，取得通行証。 回中立區域，依序拜訪四域。
59地之城・宮殿 從中立區域西方入口進入，到南方宮殿。 與瑪卡拉交談。 回中立區域。
60炎之城・宮殿 從中立區域東方入口進入，到東北方宮殿。 與普利多拉交談。 回中立區域。
61風之城・宮殿 從中立區域東南入口進入，到北方宮殿。 與都朋交談。 回中立區域。
62水之城・宮殿 從中立區域西南入口進入，到東南方宮殿。 與拉哈布交談，完成宮殿內的對話。 回中立區域宿屋。
63中立區域・宿屋 必須先拜訪天之城與地、炎、風、水四域的龍王；四域拜訪順序不限。 返回宿屋，從出口離開時觸發傳令。 前往天之城宮殿。
64天之城・宮殿（返回） 找迪亞曼多接受調停委託，獲得天之書狀。 前往炎之城宮殿。
65炎之城・宮殿（返回） 66地之城・宮殿（返回） 67風之城・宮殿（返回） 68水之城・宮殿（返回） 69天之城・宮殿（再次返回） 集齊各域書狀後，與迪亞曼多交談。 隨迪亞曼多到中立區域祭壇。
70中立區域・祭壇 完成祭壇對話，開啟入口。 進入伏龍世界。
71伏龍世界 向南前往宮殿。 與伏龍交談。 從開啟的通道返回地上，抵達富士山火山口。
72富士山火山口 抵達火山口後，完成聯絡源內與會合的事件。 半藏離隊，玉裳歸隊，獲得天龍丸。 登船找源內。
73天龍丸 完成船上源內的對話後離船。 先到富士山西方的三友城池。
74三友城池 擊敗城門的機動城塞。 進入天守閣。
75三友城池・天守閣 76空海城池 擊敗城門的機動城塞。 進入天守閣。
77空海城池・天守閣 78水戶城（返回） 擊敗城門的機動城塞。 進入天守閣。
79水戶城・天守閣 80伊豆海岸 赴約並擊敗正宗。 前往江戶。
81轉之島（選走） 解除航空管制後，可搭天龍丸登島探索、練功，主線可略過。
82江戶（最後返回） 到城門口找伊豆野神，選擇已準備好。 進入江戶城天守閣。
83江戶城・入口 沿樓梯登城；遇到看似封閉的路，檢查可穿過的牆壁。 與究極弁慶交戰；完成源內接手的事件後繼續上樓。
84江戶城・第二場對決 沿樓梯繼續上行，到正宗所在的對決房間。 完成五衛門的事件，再往上走。
85江戶城・第三場對決 繼續登城，到空海所在的對決房間。 完成四郎的事件，再往上走。
86江戶城・第四場對決 繼續登城，到才藏所在的對決房間。 完成半藏的事件，再往上走。
87江戶城・信長 擊敗信長。 戰後取得銀八送來的補給，整頓隊伍。 登上天守閣頂層。
88江戶城・天守閣頂層